U maloj djeci, u slučaju hormonalnih abnormalnosti, liječenje se može sastojati od injekcija testosterončiju dozu i pravilnost određuje endokrinolog. Ovaj dobro praćen tretman povećava veličinu penisa. Kada je mikropenis uzrokovan tkivima penisa koji nisu osjetljivi na testosteron, ovaj hormonski tretman nema učinka.

Što se ranije otkrije mikropenis, brže će se započeti liječenje, to će biti učinkovitije. Liječenje može biti potrebno i oko puberteta. Nakon puberteta, hormonsko liječenje više nije učinkovito jer tkiva više ne reagiraju na isti način.

Hirurško liječenje mikropenisa     

U odrasloj dobi, kada mikropenis nije liječen ili kada liječenje nije bilo dovoljno učinkovito, hirurgija je moguće. Međutim, ne daje uvijek uvjerljive rezultate.

Presjek ligamenta suspenzivno penisa, koji ide od penisa do pubisa, može se ponuditi. On ne mijenja penis na bilo koji način, već ga djelomično odvaja od stidnice, čineći ga dužim. Opaženi dobitak je 1 do 2 cm u mlitavom stanju i 1,7 cm u erekciji. Ovo produljenje se postiže cijenom nestabilnog penisa u uspravnom položaju, budući da je manje dobro pričvršćen za pubis, što može učiniti prodiranje manje lakim.

THEautologna injekcija masti uključuje ubrizgavanje masti subjekta pod kožu njegovog penisa. Ovo ni na koji način ne produžava penis, ali ga vizualno čini debljim. Samo dio unesene masti tijelo ne apsorbira s vremenom (10 do 50% ovisno o temi). Resorpcija može biti neujednačena i dovesti do izgleda "brojanice" penisa.

Mikropenis može imati značajne psihološke posljedice, posebno u adolescenciji, važno je pomoći osobi i uzeti u obzir njene sumnje.