The alergije na čokoladu su moguće čak i ako jesu rares. Alergijski fenomen u ovom slučaju dolazi od proteina kakaa. Alergična osoba koja ga konzumira tada ima poteškoće s disanjem, ima glavobolju, osip, tahihardiju, svrbež i peckanje u želucu.

Ovi se simptomi mogu primijetiti i kod ljudi koji su alergični na elemente koji čine čokoladu (orasi, mliječni proteini itd..), iako stoga zapravo nisu alergični na kakao.